1956年6月，中国科学院哲学研究所自然辩证法研究组成立，这是我国第一个自然辩证法专业的研究机构，在推动自然辩证法学习和研究方面发挥了重要作用，成为我国自然辩证法研究队伍中的一支骨干力量。

1962年，中国科学院哲学研究所和北京大学、中国人民大学联合招收了八名自然辩证法研究生，为培养自然辩证法的专业人才积累了很好的经验。

1978年，中国科学技术大学研究生院在北京正式成立，并设立自然辩证法教研室。

2000年，国务院学位委员会及教育部核准校名为中国科学院研究生院，随后设立人文学院，整合力量开展自然辩证法、科技哲学、科学史及马克思主义相关领域的教学与科研。

2012年，中国科学院研究生院更名为中国科学院大学，学校进入以“科教融合”为特色的全面发展新阶段，对人文学科和马克思主义理论学科建设提出更高要求。

2015年4月，中国科学院大学马克思主义教学与研究中心成立，承担全校本科生、硕士生和博士生的思想政治理论课教学任务。

2017年4月，马克思主义教学与研究中心正式更名为马克思主义学院，成为学校直属的二级机构，全面承担思想政治理论课教学和马克思主义理论研究任务。